Miyakes kollektion innehåller den ljusa, akvatiska, blommiga parfymen L'eau d'Issey för kvinnor, som lanserades 1992. Doften följdes 1994 av L'eau d'Issey Pour Homme för män. En ny cologne för män, L’eau d'Issey Pour Homme Intense, introducerades i USA i juni 2007. Issey Miyakes dofter produceras under ett långsiktigt avtal med Beauté Prestige International division of Shiseido, som även producerar dofter för Narciso Rodriguez och Jean Paul Gaultier.